区别如下：
1.报名及考试时间不同
申硕硕士一般是在每年的三月份报名，五月份考试，而全国统招的在职研究生则与全日制研究生的报名及考试时间相同，即每年的十月份报名，下年的一月份考试。
2.教育类别不同
申请硕士属于先入学后考试的、非脱产的非学历教育，而全国统招的在职研究生属于半脱产或全脱产的研究生学历教育。
3.在获取证书上有所不同。
申硕因为属于非学历教育，所以在毕业后只能获取单证，即硕士学位证书。而全国统招的在职研究生为学历教育，录取后经学习合格毕业后可获得双证，即毕业证书和硕士学位证书。此外后者还可以以同等学力人员的身份申请硕士学位，经考核合格后可获得由国务院学位办统一印制的硕士学位证书（和通过考试如下的硕士研究生所获得的学位证书也是一样的）。
同等学力申硕和在职研究生区别如下：
1、含义不同：在职研究生是一边工作一边学习的模式，在职人员提供的进修模式，属于国民教育。同等学力申硕属于教育，在获得在职研究生学位后，具有硕士学位毕业研究生同等学力。
2、证书不同：同等学力申硕获得硕士学位证书。在职研究生是双证的，只要达到联考条件要求即可。
3、包含与被包含的关系：同等学力申硕则属于在职研究生报考形式中的一种。
