1、性质区别，2、报考方法区别，3、入学方式区别，4、培养方式区别，5、报名条件区别，6、证书区别。
在职研究生：是硕士学位的一种报考方法。
专业硕士：是属于硕士学位的一种类型。
在职研究生：除了非全日制，还有同等学历申硕、中外合作办学硕士、高级研修班等。
专业硕士：有非全日制和全日制两种方法。
在职研究生：可以参与入学考试，也可以不参与入学考试;选同等学力申硕，是先入学后考试;非全日制是先考试后入学。
专业硕士：不管是选非全日制，还是全日制，都是先考试后入学。
在职研究生：是在职人员一边工作，一边学习的类型。
专业硕士：重在培育具有厚实理论基础，并适应特定行业或职业的应用型高层次专门人才。【感兴趣的话点击此处，免费学习一下】
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区别在于学位不同，报考类型不同，学历证书不同。1、学位不同：在职硕士是在职研究生的一种，学位分为硕士和博士。
2、报考类型不同：在职硕士的报考类型包括同等学力申硕、非全日制研究生、中外合作办学硕士，而在职研究生则包括在职硕士和在职博士。
3、学历证书不同：在职硕士的学历证书会注明学习方式为“非全日制”，而中外合作办学硕士获得的是国外的硕士学位证书。
